La Sección Media Especializada está conformada por ocho cursos, divididos en terceros y cuartos medios. Estos alumnos son educados por docentes, en las ramas especializadas tradicionales: humanistas, biólogos, matemáticos; cada una de las cuales proyecta su  futuro profesional.

En esta etapa los educadores son parte de un proceso cercano, ya que están formando y fortaleciendo los conocimientos de cada alumno, para que pueda optar en un futuro cercano a una carrera profesional, siendo fundamental el acompañamiento en la vocación del alumno.

Los desafíos de la Sección EME, están orientados a que cada promoción refleje su trabajo, esfuerzo y dedicación, en un ambiente grato, cercano y de mucho diálogo. Además de promover la realización de proyectos durante el año que animan la Sección en el ámbito de lo pastoral, académico y social.

Los alumnos en esta etapa tienen distintos talleres y movimientos pastorales a su disposición para desarrollar sus competencias y formar sus vocaciones. El deporte también es importante en esta Sección, ya que la mayorìa de sus alumnos participa de alguna selección en el Colegio.

La Sra. Jessica Torres es la  Directora de la Sección, junto al equipo de gestión y orientación estan al servicio de estos jóvenes que se preparan para enfrentar la vida universitaria y laboral.